Les unités d’enseignement et de recherche et les laboratoires sont regroupés en quatre départements.

Forêts, Nature et Paysage

Président : P. Lejeune
Vice-Président : G. Mahy
Secrétaire : J. Hébert

• Biodiversité et paysage
  • Aménagement des territoires (laboratoire)
• Gestion des ressources forestières et des milieux naturels
  • Foresterie des régions tropicales et subtropicales (laboratoire)

Sciences et technologie de l'environnement

Président : J.P. Baudoin
Vice-Président : Y. Beckers
Secrétaire : C. Charles

• Hydrologie et hydraulique agricole
• Mécanique des fluides et environnement
• Mécanique et construction
• Physique des bio-systèmes
• Sciences du sol

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Sciences agronomiques

Président : L. Bock
Vice-Président : D. Xanthoulis
Secrétaire : B. Heinesch

• Biologie végétale
  • Toxicologie environnementale (laboratoire)
• Economie et développement rural
• Entomologie fonctionnelle et évolutive
• Phytopathologie
• Phytotechnie des régions tempérées
• Phytotechnie tropicale et Horticulture 
  • Physiologie végétale à finalité horticole (laboratoire)
• Statistique, Informatique et Mathématique appliquées
• Zootechnie

Chimie et Bio-Industries

Président : M. Sindic
Vice-Président : P. Thonart
Secrétaire f.f. : F. Delvigne

• Bio-industries
• Biologie animale et microbienne 
  • Ecologie microbienne et Epuration des eaux (laboratoire)
• Chimie analytique
  • Phytopharmacie (laboratoire)
• Chimie biologique industrielle
• Chimie générale et organique 
• Technologie des industries agro-alimentaires
• Centre de Biologie fondamentale
  • Biologie cellulaire et moléculaire (section)
  • Biologie moléculaire et numérique (section)

Une présentation analogue concerne les services scientifiques communs et d’appui à l’enseignement et à la recherche qui sont assimilés à des départements transversaux :

• Bibliothèque et Centre de documentation
• Bureau d’Etudes Environnement et Analyses
• Ferme expérimentale
• Service d’Informatique générale
• Laboratoire de langues